运行
运行示例
示例1：基本用法
为分析设置必要的配置文件，包括样本数据的路径、试剂类型、基因组索引、GTF等。使用以下命令运行SeekSoulTools：
seeksoultools rna run \
--fq1 /path/to/demo_dd/demo_dd_S39_L001_R1_001.fastq.gz \
--fq2 /path/to/demo_dd/demo_dd_S39_L001_R2_001.fastq.gz \
--samplename demo_dd \
--genomeDir /path/to/GRCh38/star \
--gtf /path/to/GRCh38/genes/genes.gtf \
--chemistry DDV2 \
--core 4 \
--include-introns
示例2：指定其他版本STAR进行分析
为了在分析中使用特定版本的STAR，并确保与该版本生成的–genomeDir兼容，你可以使用以下命令运行SeekSoulTools，并指定所需版本的STAR的路径：
seeksoultools rna run \
--fq1 /path/to/demo_dd/demo_dd_S39_L001_R1_001.fastq.gz \
--fq2 /path/to/demo_dd/demo_dd_S39_L001_R2_001.fastq.gz \
--samplename demo_dd \
--genomeDir /path/to/GRCh38/star \
--gtf /path/to/GRCh38/genes/genes.gtf \
--chemistry DDV2 \
--core 4 \
--include-introns \
--star_path /path/to/cellranger-5.0.0/lib/bin/STAR
示例3：一个样本有多组fastq数据
如果一个样本有多个FASTQ数据集，你可以在运行SeekSoulTools时提供与该样本相关的所有FASTQ文件的路径。以下是一个示例命令：
seeksoultools rna run \
--fq1 /path/to/demo_dd_S39_L001_R1_001.fastq.gz \
--fq1 /path/to/demo_dd_S39_L002_R1_001.fastq.gz \
--fq2 /path/to/demo_dd_S39_L001_R2_001.fastq.gz \
--fq2 /path/to/demo_dd_S39_L002_R2_001.fastq.gz \
--samplename demo \
--genomeDir /path/to/GRCh38/star \
--gtf /path/to/GRCh38/genes/genes.gtf \
--chemistry DDV2 \
--core 4 \
--include-introns
示例4：自定义R1结构
要自定义 Read 1 (R1) FASTQ文件的结构，可以使用以下命令：
seeksoultools rna run \
--fq1 /path/to/demo_dd_S39_L001_R1_001.fastq.gz \
--fq2 /path/to/demo_dd_S39_L001_R2_001.fastq.gz \
--samplename demo \
--genomeDir /path/to/GRCh38/star \
--gtf /path/to/GRCh38/genes/genes.gtf \
--barcode /path/to/utils/CLS1.txt \
--barcode /path/to/utils/CLS2.txt \
--barcode /path/to/utils/CLS3.txt \
--linker /path/to/utils/Linker1.txt \
--linker /path/to/utils/Linker2.txt \
--structure B9L12B9L13B9U8 \
--core 4 \
--include-introns
B9L12B9L13B9U8表示read1的结构为：9个碱基barcode+12个碱基linker+9个碱基barcode+13个碱基linker+9个碱基barcode+9碱基UMI，整体cellbarcode有3段，共27个碱基(9*3)，UMI为8个碱基使用
--barcode依次指定3段barcode，--linker依次指定2段linker。
软件参数说明
参数 |
参数说明 |
|---|---|
–fq1 |
R1 fastq数据路径。 |
–fq2 |
R2 fastq数据路径。 |
–samplename |
样本名称，会在outdir目录下创建以样本名称命名的目录。仅支持数字，字母和下划线。 |
–outdir |
结果输出目录。默认值：./。 |
–genomeDir |
STAR构建的参考基因组路径, 版本需要与SeekSoulTools使用的STAR一致。 |
–gtf |
相应物种的gtf路径。 |
–core |
分析使用的线程数。 |
–chemistry |
试剂类型，每种对应一组 |
–skip_misB |
barcode不允许碱基错配，默认允许一个碱基错配。 |
–skip_misL |
linker不允许碱基错配，默认允许一个碱基错配。 |
–skip_multi |
舍弃能纠错为多个白名单barocde的reads，默认纠错为比例最高的barcode。 |
–expectNum |
预估的捕获细胞数目。 |
–forceCell |
当正常分析得到的细胞数⽬不理想时，选⽤此参数，后⾯加⼀个预期的数值N，SeekSoulTools软件会按照UMI从⾼到低取前N个细胞。 |
–include-introns |
不启用时，只会选择exon reads⽤于定量；启用时，intron reads也会⽤于定量。 |
–star_path |
指定其他版本的STAR路径进行比对，版本需要与 |