Output descriptions

Here’s the output directory structure: each line represents a file or folder, indicated by “├──”, and the numbers indicate three important output files.

./
├── demo_report.html                          1
├── demo_summary.csv                          2
├── demo_summary.json                    
├── step1                                
│   └──demo_2.fq.gz                      
├── step2                               
│   ├── featureCounts                   
│   │   └── demo_SortedByName.bam      
│   └── STAR                            
│       ├── demo_Log.final.out          
│       └── demo_SortedByCoordinate.bam  
├── step3
│   ├── filtered_feature_bc_matrix            3
│   └── raw_feature_bc_matrix          
└──step4                                
    ├── FeatureScatter.png              
    ├── FindAllMarkers.xls               
    ├── mito_quantile.xls               
    ├── nCount_quantile.xls             
    ├── nFeature_quantile.xls           
    ├── resolution.xls                   
    ├── top10_heatmap.png               
    ├── tsne.png                         
    ├── tsne_umi.png                    
    ├── tsne_umi.xls                     
    ├── umap.png                        
    └── VlnPlot.png                      

1. Final report in html

2. Quality control information in csv

3. Filtered feature-barcode matrix