multivdj

本模块可以对5’RNA和VDJ数据进行联合分析。

运行示例

seeksoultools multivdj run \
        --rnafq1 /path/to/demo/rna.demo.R1.fq.gz \
        --rnafq2 /path/to/demo/rna.demo.R2.fq.gz \
        --tcrfq1 /path/to/demo/tcr.demo.R1.fq.gz \
        --tcrfq2 /path/to/demo/tcr.demo.R2.fq.gz \
        --samplename demo_multi \
        --organism human \
        --core 8  \
	--genomeDir /path/to/GRCh38/star  \
        --gtf /path/to/GRCh38/genes/genes.gtf \
        --include-introns \
        --outdir ./ 

软件参数说明

参数	参数说明
–rnafq1	输入的RNA数据的fq1文件。必填
–rnafq2	输入的RNA数据的fq2文件。必填
–tcrfq1	输入的TCR数据的fq1文件。选填
–tcrfq2	输入的TCR数据的fq2文件。选填
–bcrfq1	输入的BCR数据的fq1文件。选填
–bcrfq2	输入的BCR数据的fq2文件。选填。请注意--tcrfq和--bcrfq至少一组，即可以是tcrfq1和tcrfq2，也可以是bcrfq1和bcrfq2，也可以是>四个参数均指定。
–samplename	样本名称, 会在outdir目录下创建以样本名称命名的目录
–organism	物种信息，可选[human, mouse]
–cfg	当物种非人非鼠时，需要自行配置ref文件，记录三个ref的文件为该参数的value。
–core	线程数
–genomeDir	STAR构建的参考基因组路径, 版本需要与SeekSoulTools使用的STAR一致。
–gtf	相应基因组的gtf路径。
–include-introns	不启用时，只会选择exon reads⽤于定量；启用时，intron reads也会⽤于定量
–start_path	指定其他版本的STAR路径进行比对，版本需要与--genomeDir版本兼容，默认的--star_path为环境下的STAR。