vdj模块

• 数据准备
  • 测试数据下载
• 运行
  • 运行示例
  • 软件参数说明
• 构建ref文件示例
  • 方式一：可利用trust4软件，获取IMGT数据库并构建所需ref。
  • 方式二：如果genes.gtf文件中基因名称不包含所需的BCR/TCR 基因名称的话，可单独配置：
  • 准备leader文件
  • 写入cfg文件
• 结果文件说明
• 处理过程
  • barcode/UMI提取
    • 结构设计和描述
    • 数据流程
      • Barcode识别和矫正
  • VDJ基因比例统计
  • 序列组装
  • VDJ注释
  • clonotype计算