运行

运行示例

示例1：T细胞受体分析示例

seeksoultools vdj run \
--fq1 /path/to/demo_tcr/demo_tcr_R1.fq.gz \
--fq2 /path/to/demo_tcr/demo_tcr_R2.fq.gz \
--chemistry DD5V1 \
--samplename demo_tcr \
--chain TR \
--core 16  \
--outdir /path/to/ouput/demo_tcr \
--organism human

示例2：B细胞受体分析示例

seeksoultools vdj run \
--fq1 /path/to/demo_bcr/demo_bcr_R1.fq.gz \
--fq2 /path/to/demo_bcr/demo_bcr_R2.fq.gz \
--chemistry DD5V1 \
--samplename demo_bcr \
--chain IG \
--core 16  \
--outdir /path/to/ouput/demo_bcr \
--organism human

软件参数说明

参数	参数说明
–fq1	R1 fastq数据路径。
–fq2	R2 fastq数据路径。
–samplename	样本名称。仅支持数字，字母和下划线。
–chemistry	试剂类型，每种对应一组--shift、--pattern、 --structure、--barcode和--sc5p的组合，可选值：DD5V1； DD5V1 对应SeekOne® DD单细胞5’转录组试剂盒。
–organism	物种，可选值：human，mouse， monkey，rabbit，rat。
–chain	链类型，可选值：IG，TR； IG对应B细胞受体； TR对应T细胞受体。
–core	分析使用的线程数。
–outdir	结果输出目录，绝对路径，并且保证每个任务的outdir唯一。
–skip_misB	barcode不允许碱基错配，默认允许一个碱基错配。
–skip_misL	linker不允许碱基错配，默认允许一个碱基错配。
–skip_multi	舍弃能纠错为多个白名单barocde的reads，默认纠错为比例最高的barcode。