运行

运行示例

示例1：单细胞全序列转录组数据

为分析设置必要的配置文件，包括样本数据的路径、试剂类型、基因组索引、GTF等。使用以下命令运行SeekSoulTools：

seeksoultools fast run \
--fq1 /path/to/cellline/cellline_R1.fq.gz \
--fq2 /path/to/cellline/cellline_R2.fq.gz \
--samplename demo \
--genomeDir /path/to/GRCh38/star \
--gtf /path/to/GRCh38/genes/genes.gtf \
--chemistry DD-Q \
--include-introns \
--core 4

示例2：FFPE样本单细胞转录数据，使用--scoremin 0.2 --matchnmin 0.33

seeksoultools fast run \
--fq1 /path/to/ffpe/ffpe_R1.fq.gz \
--fq2 /path/to/ffpe/ffpe_R2.fq.gz \
--samplename demo \
--genomeDir /path/to/GRCh38/star \
--gtf /path/to/GRCh38/genes/genes.gtf \
--scoremin 0.2 \
--matchnmin 0.33 \
--chemistry DD-Q \
--include-introns \
--core 4

软件参数说明

参数	参数说明
–fq1	R1 fastq数据路径。
–fq2	R2 fastq数据路径。
–samplename	样本名称，会在outdir目录下创建以样本名称命名的目录。仅支持数字，字母和下划线。
–outdir	结果输出目录。默认值：./。
–genomeDir	STAR构建的参考基因组路径, 版本需要与SeekSoulTools使用的STAR一致。
–gtf	相应物种的gtf路径。
–rRNAgenomeDir	STAR构建的参考基因组路径,用于rRNA比例评估, 对于非人非鼠物种，该参数可以不指定，当不指定该参数时，用–genomeDir参数值进行核糖体信息统计。如果指定该参数吗，则版本需要与SeekSoulTools使用的STAR一致。
–rRNAgtf	相应物种的gtf路径，用于rRNA比例评估，同样该参数可以不指定。
–core	分析使用的线程数。
–chemistry	试剂类型，每种对应一组--shift、--pattern、 --structure、--barcode和--sc5p的组合，可选值：DD-Q； DD-Q 对应SeekOne® DD单细胞全序列转录组试剂盒。
–skip_misB	barcode不允许碱基错配，默认允许一个碱基错配。
–skip_misL	linker不允许碱基错配，默认允许一个碱基错配。
–skip_multi	舍弃能纠错为多个白名单barocde的reads，默认纠错为比例最高的barcode。
–expectNum	预估的捕获细胞数目。
–forceCell	当正常分析得到的细胞数⽬不理想时，选⽤此参数，后⾯加⼀个预期的数值N，SeekSoulTools软件会按照UMI从⾼到低取前N个细胞。
–include-introns	不启用时，只会选择exon reads⽤于定量；启用时，intron reads也会⽤于定量。
–star_path	指定其他版本的STAR路径进行比对，版本需要与--genomeDir版本兼容，默认的--star_path为环境下的STAR。
–scoremin	设置STAR比对时的--outFilterScoreMinOverLread参数，用于FFPE样本放宽比对要求。该参数根据比对得分来过滤掉一些可能是错误的比对。
–matchnmin	设置STAR比对时的--outFilterMatchNminOverLread参数，用于FFPE样本放宽比对要求。该参数根据reads比对上的碱基数来过滤一些部分比对的reads。