结果文件说明

以下是输出目录结构:每一行代表一个文件或文件夹,用 "├──" 表示,数字表示三个重要的输出文件。

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├── PBMC_report.html
├── PBMC_summary.csv
├── PBMC_summary.json
├── step1
│   ├── PBMC_1.fq.gz
│   ├── PBMC_2.fq.gz
│   ├── PBMC_multi_1.fq.gz
│   ├── PBMC_multi_2.fq.gz
│   └── PBMC_multi.json
├── step2
│   ├── featureCounts
│      ├── counts.txt
│      ├── counts.txt.summary
│      └── PBMC_SortedByName.bam
│   └── STAR
│       ├── downbam
│          ├── log.txt
│          ├── PBMC.bed
│          ├── PBMC.down.0.1.bam
│          ├── PBMC.down.0.1.bam.bai
│          ├── PBMC.geneBodyCoverage.curves.pdf
│          ├── PBMC.geneBodyCoverage.r
│          ├── PBMC.geneBodyCoverage.txt
│          └── PBMC.reduction.bed
│       ├── PBMC_Log.final.out
│       ├── PBMC_Log.out
│       ├── PBMC_Log.progress.out
│       ├── PBMC_SJ.out.tab
│       ├── PBMC_SortedByCoordinate.bam
│       ├── PBMC_SortedByCoordinate.bam.bai
│       ├── PBMC_SortedByName.bam
│       ├── PBMC__STARtmp
│       ├── report.pdf
│       ├── rnaseq_qc_results.txt
│       └── rRNA
│           ├── counts.txt
│           ├── counts.txt.summary
│           ├── PBMC_Aligned.out.bam
│           ├── PBMC_Aligned.out.bam.featureCounts.bam
│           ├── PBMC_Log.final.out
│           ├── PBMC_Log.out
│           ├── PBMC_Log.progress.out
│           ├── PBMC_SJ.out.tab
│           ├── PBMC__STARtmp
│           └── PBMC.xls
├── step3
│   ├── counts.xls
│   ├── detail.xls
│   ├── filtered_feature_bc_matrix
│      ├── barcodes.tsv.gz
│      ├── features.tsv.gz
│      └── matrix.mtx.gz
│   ├── raw_feature_bc_matrix
│      ├── barcodes.tsv.gz
│      ├── features.tsv.gz
│      └── matrix.mtx.gz
│   └── umi.xls
└── step4
    ├── biotype_FindAllMarkers.xls
    ├── FeatureScatter.png
    ├── FindAllMarkers.xls
    ├── lncgene_FindAllMarkers.xls
    ├── mito_quantile.xls
    ├── nCount_quantile.xls
    ├── nFeature_quantile.xls
    ├── PBMC.rds
    ├── resolution.xls
    ├── top10_heatmap.png
    ├── tsne.png
    ├── tsne_umi.png
    ├── tsne_umi.xls
    ├── umap.png
    └── VlnPlot.png
  1. PBMC_report.html是样本的html报告

  2. PBMC_summary.csv样本的csv格式质控信息

  3. step3/filtered_feature_bc_matrix是经过过滤之后的表达矩阵

  4. step4/PBMC.rds是矩阵经过seurat处理后的rds文件。