运行

运行示例

示例1：基本用法

mkdir -p /demo/myproject/
cd /demo/myproject/
seeksoultools rna run \ 
--fq1 /demo/data/demo3k_R1_001.fastq.gz \ 
--fq2 /demo/data/demo3k_R2_001.fastq.gz \ 
--samplename demo3k \ 
--outdir /demo/myproject/ \ 
--genomeDir /demo/refdata/GRCh38-3.0.0/star \ 
--gtf /path/demo/refdata/GRCh38-3.0.0/genes/genes.gtf \ 
--chemistry MM \ 
--core 4

示例2：指定其他版本STAR进行分析，保证与–genomeDir的STAR版本兼容

mkdir /demo/myproject/
cd /demo/myproject/
seeksoultools rna run \
--fq1 /demo/data/demo3k_R1_001.fastq.gz \
--fq2 /demo/data/demo3k_R2_001.fastq.gz \
--samplename demo3k \
--outdir /demo/myproject/ \
--genomeDir /demo/refdata/GRCh38/star \
--gtf /path/demo/refdata/GRCh38/genes/genes.gtf \
--chemistry MM \
--core 4 \
--star_path /path/to/cellranger-5.0.0/lib/bin/STAR

示例3：一个样本有多组fastq数据

mkdir /demo/myproject/
cd /demo/myproject/
seeksoultools rna run \
--fq1 /demo/data/demo_S1_L001_R1_001.fastq.gz \
--fq1 /demo/data/demo_S1_L002_R1_001.fastq.gz \
--fq2 /demo/data/demo_S1_L001_R2_001.fastq.gz \
--fq2 /demo/data/demo_S1_L002_R2_001.fastq.gz \
--samplename demo \
--outdir /demo/myproject/ \
--genomeDir /demo/refdata/GRCh38/star \
--gtf /demo/refdata/GRCh38/genes/genes.gtf \
--chemistry MM \
--core 4

示例4：自定义R1结构

seeksoultools rna run \
--fq1 /demo/data/demo3k_R1_001.fastq.gz \
--fq2 /demo/data/demo3k_R2_001.fastq.gz \
--samplename demo \
--outdir /demo/myproject/ \
--genomeDir /demo/refdata/GRCh38/star \
--gtf /demo/refdata/GRCh38/genes/genes.gtf \
--barcode /demo/utils/CLS1.txt \
--barcode /demo/utils/CLS2.txt \
--barcode /demo/utils/CLS3.txt \
--linker /demo/utils/Linker1.txt \
--linker /demo/utils/Linker2.txt \
--structure B9L12B9L13B9U8 \
--core 4

• B9L12B9L13B9U8表示read1的结构为：9个碱基barcode+12个碱基linker+9个碱基barcode+13个碱基linker+9个碱基barcode+9碱基UMI，整体cellbarcode有3段，共27个碱基(9*3)，UMI为8个碱基

• 使用--barcode依次指定3段barcode，--linker依次指定2段linker。

软件参数说明

参数	参数说明
–fq1	R1 fastq数据路径。
–fq2	R2 fastq数据路径。
–samplename	样本名称，会在outdir目录下创建以样本名称命名的目录。仅支持数字，字母和下划线。
–outdir	结果输出目录。默认值：./。
–genomeDir	STAR构建的参考基因组路径, 版本需要与seeksoultools使用的STAR一致。
–gtf	相应物种的gtf路径。
–core	分析使用的线程数。
–chemistry	试剂类型，每种对应一组--shift、--pattern、 --structure、--barcode和--sc5p的组合，可选值：DDV1，DDV2，DD5V1，MM，MM-D，DD-Q； DDV1 对应DD平台3’转录组V1版本试剂； DDV2 对应DD平台3‘转录组V2版本试剂； DD5V1 对应DD平台5‘转录组V1版本试剂； MM 对应MM平台3’转录组数据； MM-D 对应MM大孔径； DD-Q 对应DD全序列。
–skip_misB	barcode不允许碱基错配，默认允许一个碱基错配。
–skip_misL	linker不允许碱基错配，默认允许一个碱基错配。
–skip_multi	舍弃能纠错为多个白名单barocde的reads，默认纠错为比例最高的barcode。
–expectNum	预估的捕获细胞数目。
–forceCell	当正常分析得到的细胞数⽬不理想时，选⽤此参数，后⾯加⼀个预期的数值N，seeksoultools软件会按照UMI从⾼到低取前N个细胞。
–include-introns	不启用时，只会选择exon reads⽤于定量；启用时，intron reads也会⽤于定量。
–star_path	指定其他版本的STAR路径进行比对，版本需要与--genomeDir版本兼容，默认的--star_path为环境下的STAR。