addtag

对bam进行修改,添加barcode和umi标签。

运行示例

为分析设置必要的配置文件,包括样本的bam文件和step3目录下的umi.xls文件。使用以下命令运行SeekSoulTools:

seeksoultools utils addtag \
    --inbam step2/featureCounts/Samplename_SortedByName.bam \
    --umifile step3/umi.xls \
    --outbam Samplename_addtag.bam

软件参数说明

参数

参数说明

–inbam

输入的bam,step2 featureCount目录下的bam文件。

–outbam

addtag之后的bam文件名称

–umifile

输入的umi文件,seeksoultools输出目录step3的umi.xls文件